श्वसन माइक्रोबायोम, फुफ्फुसीय माइक्रोबियल समुदाय है जिसमें निचले श्वसन पथ में विशेष रूप से श्लेष्म परत और उपकला सतहों पर पाए जाने वाले सूक्ष्मजीवों की एक जटिल विविधता शामिल होती है। इन सूक्ष्मजीवों में बैक्टीरिया, कवक, वायरस और बैक्टीरियोफेज शामिल हैं। माइक्रोबायोटा के जीवाणु भाग का अधिक बारीकी से अध्ययन किया गया है। इसमें नौ जेनेरा का एक कोर शामिल है: प्रीवोटेला, स्फिंगोमोनास, स्यूडोमोनास, एसिनेटोबैक्टर, फ्यूसोबैक्टीरियम, मेगास्पेरा, वेइलोनेला, स्टैफिलोकोकस और स्ट्रेप्टोकोकस। वे एरोबेस के साथ-साथ एनारोबेस और एरोटोलरेंट बैक्टीरिया भी हैं। सूक्ष्मजीव समुदाय विशेष व्यक्तियों में अत्यधिक परिवर्तनशील होते हैं और लगभग 140 अलग-अलग परिवारों से मिलकर बने होते हैं। उदाहरण के लिए, ब्रोन्कियल पेड़ में प्रति सेंटीमीटर वर्ग सतह पर औसतन 2000 जीवाणु जीनोम होते हैं। श्वसन नमूनों में हानिकारक या संभावित रूप से हानिकारक बैक्टीरिया भी नियमित रूप से पाए जाते हैं। सबसे महत्वपूर्ण हैं मोराक्सेला कैटरलिस, हेमोफिलस इन्फ्लुएंजा और स्ट्रेप्टोकोकस न्यूमोनिया। वे विशेष परिस्थितियों में श्वसन संबंधी विकार उत्पन्न करने के लिए जाने जाते हैं, अर्थात् यदि मानव प्रतिरक्षा प्रणाली ख़राब हो। वह तंत्र जिसके द्वारा वे स्वस्थ व्यक्तियों में निचले वायुमार्ग में बने रहते हैं, अज्ञात है। आमतौर पर पाए जाने वाले फंगल जेनेरा फेफड़े के माइक्रोबायोटा में फेफड़े के माइकोबायोम का निर्माण करते हैं, और इसमें कैंडिडा, मालासेज़िया, नियोसार्टोरिया, सैक्रोमाइसेस और एस्परगिलस शामिल हैं।