एक छोटा अणु एक कम आणविक भार वाला कार्बनिक यौगिक है। अधिकांश औषधियाँ छोटे कार्बनिक अणु होती हैं। एक छोटे अणु का ऊपरी आणविक भार लगभग 900 डाल्टन है। छोटे अणु, जिनका आणविक भार अक्सर 500 या उससे कम होता है, शोधकर्ताओं के लिए आणविक, सेलुलर और विवो स्तर पर कार्य का पता लगाने के लिए बेहद महत्वपूर्ण साबित हुए हैं। ऐसे अणु बीमारियों के इलाज के लिए भी मूल्यवान साबित हुए हैं, और आज विपणन की जाने वाली अधिकांश दवाएं इसी वर्ग की हैं। किसी दी गई जैविक प्रक्रिया या रोग अवस्था को नियंत्रित करने में प्रभावी छोटे अणुओं की पहचान करना एक प्रमुख चुनौती है।
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