फार्मास्युटिकल माइक्रोबायोलॉजी माइक्रोबायोलॉजी की एक अनुप्रयुक्त शाखा है। इसमें फार्मास्यूटिकल्स के निर्माण से जुड़े सूक्ष्मजीवों का अध्ययन शामिल है, उदाहरण के लिए एक प्रक्रिया वातावरण में सूक्ष्मजीवों की संख्या को कम करना, पानी और अन्य शुरुआती सामग्रियों से एक्सोटॉक्सिन और एंडोटॉक्सिन जैसे सूक्ष्मजीवों और माइक्रोबियल उप-उत्पादों को बाहर करना, और यह सुनिश्चित करना कि तैयार फार्मास्युटिकल उत्पाद बाँझ है। फार्मास्युटिकल माइक्रोबायोलॉजी के जर्नल: एप्लाइड एंड एनवायर्नमेंटल माइक्रोबायोलॉजी, जर्नल ऑफ क्लिनिकल माइक्रोबायोलॉजी, मॉलिक्यूलर माइक्रोबायोलॉजी, क्लिनिकल माइक्रोबायोलॉजी रिव्यू, माइक्रोबायोलॉजी और मॉलिक्यूलर बायोलॉजी, नेचर रिव्यू माइक्रोबायोलॉजी, माइक्रोबायोलॉजी की वार्षिक समीक्षा, एप्लाइड माइक्रोबायोलॉजी और बायोटेक्नोलॉजी, माइक्रोबायोलॉजी में रुझान।